重庆华悦生态环境工程研究院由重庆两江新区悦来投资集团、哈尔滨工业大学、同济大学与北京华亚科创于2017年9月发起成立，是在国家生态文明建设和污染防治攻坚的大背景下，整合四方力量形成的生态环境"产学研用"综合平台。 2018年，学院先后获批重庆市生态环境首批“新型卓越研发机构”和重庆市学术专家工作站，入选重庆市创新创业示范团队。2019年被批准为国家高新技术企业。 学院成立以来，在重庆、深圳等地开展了广泛的水资源管理、固废管理、土壤生态修复、海绵小镇建设、智能管控平台等方面的研发活动，完成并推广了20多个相关项目。学院坚持“科技立院、市场兴院”的方针，立足重庆、深圳，继续为长江经济带和粤港澳大湾地区的生态环境保护和环境友好型低碳发展做出贡献。